W Copa Libertadores starty w latach 2000, 2001, 2003 i 2006 kończyły się tradycyjnie na rozgrywkach grupowych. W Copa Sudamericana, powstałym po fuzji pucharów Copa Mercosur i Copa Merconorte Universitario wzięło jak dotąd udział dwukrotnie – w 2002 i 2003 r., za każdym razem odpadając w pierwszej rundzie. W lidze po mistrzostwie w 2000 r. jedynym sukcesem było zwycięstwo w turnieju Apertura w 2002 r. Jednak mistrzem kraju został Sporting Cristal, gdyż w turnieju Clausura Universitario zajęło dopiero jedenaste miejsce, a by móc stoczyć bój o mistrzostwo, powinno zająć miejsce co najmniej czwarte. W 2005 w Apertura drużyna zajęła drugie miejsce, a w Clausra miejsce czwarte. W 2006 zakończył się turniej Apertura, w którym Universitario zajęło szóstą pozycję, a obecnie rozegrano już sześć kolejek turnieju Clausura. Dnia 20 sierpnia 2006 w szóstej kolejce Universitario przegrało na wyjeździe z Alianzą Lima 0:1 i zajęło ósme miejsce w tabeli.