W wyniku realizacji drugiej fazy reorganizacji KOP, latem 1937 przesunięto 3 kompanię graniczną „Stasiewszczyzna” z batalionu „Iwieniec” do batalionu KOP „Stołpce” jako jego 5 kompanię graniczną. Przesunięto też strażnicę „Łozowicze” 3 kompanii granicznej „Smolicze” batalionu „Kleck” do 2 kompanii granicznej „Siełowicze” batalionu KOP „Stołpce”.
Z dniem 15 maja 1939 batalion stał się oddziałem gospodarczym. Stanowisko kwatermistrza batalionu przemianowane zostało na stanowisko zastępcy dowódcy batalionu do spraw gospodarczych, płatnika na stanowisko oficera gospodarczego, zastępcy oficera materiałowego dla spraw uzbrojenia na zbrojmistrza, zastępcy oficera materiałowego dla spraw żywnościowych na oficera żywnościowego.
Batalion KOP „Stołpce” był jednostką mobilizującą dla dowództwa i I batalionu oraz jednostek pozabatalionowych 96 Pułku Piechoty. Mobilizacja tych oddziałów została przygotowana latem 1939, a przeprowadzona na początku września tego, w I rzucie mobilizacji powszechnej. Zmobilizowany pułk wszedł w skład rezerwowej 38 Dywizji Piechoty i podzielił jej losy w kampanii wrześniowej.