Po odejściu batalionu przeznaczonego dla 38 Dywizji Piechoty garnizon jednostki w Stołpcach wyposażył i doprowadził do stanu etatowego (poprzez wcielenie nowych rekrutów i rezerwistów) jednostkę na nowo od podstaw. Batalion wszedł w skład pułku KOP „Baranowicze”. Po odtworzeniu, batalion ochraniał granicę z ZSRR o długości 94,902 km. Od 17 września 1939 brał udział w obronie ówczesnej wschodniej granicy państwa przed radzieckim agresorem. Pod naciskiem nacierających oddziałów sowieckich baon KOP „Stołpce”, wycofał się w kierunku Nowogródka w ogniu walki, a 20 września został okrążony w Mirze i poddał się oddziałom 6 Dywizji Strzeleckiej 10 Armii.
Służba graniczna Batalion graniczny był podstawową jednostką taktyczną Korpusu Ochrony Pogranicza przeznaczoną do pełnienia służby ochronnej na powierzonym mu odcinku granicy polsko-radzieckiej, wydzielonym z pasa ochronnego brygady. Odcinek batalionu dzielił się na pododcinki kompanii, a te z kolei na pododcinki strażnic, które były „zasadniczymi jednostkami pełniącymi służbę ochronną”, w sile półplutonu.