W wyniku reorganizacji batalionu w 1931, w miejsce istniejących plutonów karabinów maszynowych, utworzono kompanię karabinów maszynowych. Rozwinięto też kadry kompanii szkolnej do pełnoetatowej kompanii odwodowej. Po przeprowadzonej reorganizacji „R.2” batalion składał się z dowództwa batalionu, plutonu łączności, kompanii karabinów maszynowych, kompanii odwodowej i trzech kompanii granicznych. Latem 1936 dowódca KOP polecił wyłączyć ze składu batalionu KOP „Iwieniec” 2 kompanię graniczną „Rubieżewicze” i włączyć ją jako 4 kompanię graniczną tego batalionu. Odcinek ochraniany przez kompanię włączono w rejon odpowiedzialności dowódcy batalionu KOP „Stołpce”.
W listopadzie 1936 batalion etatowo liczył 22 oficerów, 73 podoficerów, 28 nadterminowych i 691 żołnierzy służby zasadniczej.
Rozkazem dowódcy KOP z 23 lutego 1937 została zapoczątkowana pierwsza faza reorganizacji Korpusu Ochrony Pogranicza „R.3”. Batalion otrzymał nowy etat. Był jednostką administracyjną dla dowództwa pułku KOP „Snów”, szwadronu kawalerii KOP „Stołpce”, kompanii saperów KOP „Stołpce”, lekarza weterynarii rejonu środkowego KOP, placówki wywiadowczej KOP nr 5, posterunku żandarmerii KOP „Stołpce”, komendy rejonu pw KOP „Nowogródek”, komendy powiatu pw KOP „Stołpce” i stacji gołębi pocztowych KOP „Baranowicze”.