waży do 26 kg. Głowa i tułów spłaszczone grzbietobrzusznie, ogon spłaszczony bocznie. Ogon jest krótki, długości mniej więcej 1/3 długości głowy i tułowia. Ma krótką płetwę brzuszną i dłuższą grzbietową biegnącą od wysokości tylnych kończyn do końca ogona. Kończyny krótkie i słabe. Nozdrza są małe i znajdują się na czubku pyska. Wyjątkowo małe oczy znajdują się na czubku głowy, nie chronią ich powieki. Gładką i śliską skórę pokrywają zmarszczki, guzki i pofałdowania. Naskórek jest pomarszczony i ma kolor szary, czarny i zielony, ponadto bierze udział w wymianie gazowej. Zmarszczki na naskórku zwiększają pole powierzchni dostępnej dla wymiany gazowej pomiędzy skórą płaza a wodą. Naczynia włosowate biegną blisko powierzchni skóry, ułatwiając tym samym dyfuzję gazów.
Pojedyncze płuco jest narządem szczątkowym i bierze głównie udział w kontroli siły wyporu działającej na płaza.
Z wyglądu przypomina spokrewnioną z nią salamandrę olbrzymią chińską (A. davidianus), od której różni się ułożeniem guzków na głowie i gardle. Guzki te są większe i liczniejsze niż u A. davidianus. Ponadto salamandra olbrzymia japońska ma krótszy ogon oraz bardziej zaokrąglony pysk.