Patriarcha Konstantynopola nie uznał jednak praw Patriarchatu Moskiewskiego jako Cerkwi-Matki i dopiero tomosem z 9 września 1998 sam przyznał autokefalię Cerkwi czechosłowackiej.
Kościół Prawosławny Ziem Czeskich i Słowacji mały|250px|Katedra prawosławna Świętych Cyryla i Metodego w Pradze mały|250px|Katedra prawosławna św. Aleksandra Newskiego w Preszowie Po rozpadzie Czechosłowacji Cerkiew prawosławna stanęła przed koniecznością dostosowania się do nowej sytuacji politycznej. Utrzymano kanoniczną jedność Cerkwi, jednak w 1993 została ona podzielona na dwie prowincje metropolitalne: praską, obejmująca terytorium Czech i preszowską, obejmująca terytorium Słowacji, z osobnymi radami metropolitalnymi. Zwierzchnikami Cerkwi (metropolitami ziem czeskich i Słowacji) są odtąd na zmianę arcybiskupi Pragi i Preszowa.