29 maja 1990 Słowacka Rada Narodowa wydała rozporządzenie, na mocy którego cały majątek, który przed 1950 był majątkiem Cerkwi greckokatolickiej, miał być odebrany prawosławnym i do 1993 przekazany ponownie grekokatolikom. Prawo to, odbierane przez prawosławnych na Słowacji po dziś dzień jako niesprawiedliwe i krzywdzące, spowodowało utratę przez Cerkiew 135 spośród 170 dotąd użytkowanych obiektów sakralnych oraz domów parafialnych oraz postawiło ją przed koniecznością budowy nowych świątyń i pozostałych budynków. Do chwili obecnej wybudowano na Słowacji ponad 50 nowych cerkwi. Wkrótce okazało się również, że sytuacja wyznaniowa na Słowacji po 1968 jest ustabilizowana, a Słowacka cerkiew greckokatolicka nie jest w stanie zagospodarować odzyskanego majątku. Znaczna część odebranych wówczas prawosławnym cerkwi stoi po dziś dzień nie użytkowana albo korzystają z nich rzymscy katolicy.
Organizacja Obecnie Kościół Prawosławny Czech i Słowacji składa się z 4 diecezji. Cerkiew na ziemiach czeskich tworzą eparchia praska i eparchia ołomuniecko-brneńska. Cerkiew na Słowacji składa się z eparchii preszowskiej i eparchii michałowsko-koszyckiej.