Po wybuchu II wojny światowej biskup Gorazd II zwrócił się do metropolity berlińskiego (w jurysdykcji Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego poza granicami Rosji) Serafina o czasowe przyjęcie Cerkwi czechosłowackiej pod swoją jurysdykcję do czasu przywrócenia normalnych kontaktów z Cerkwią Serbską.
W 1942 za udział w ukrywaniu zamachowców na życie Reinharda Heydricha Kościół Prawosławny Czechosłowacji spotkały ciężkie represje. Został on zdelegalizowany, a jego majątek skonfiskowano. Biskup Gorazd II został 27 czerwca 1942 aresztowany, a 4 września tegoż roku rozstrzelany wraz z innymi działaczami cerkiewnymi eparchii praskiej. Wszyscy duchowni prawosławni trafili do obozów koncentracyjnych.
Na Słowacji losy Kościoła nie były aż tak tragiczne, jednak represje go nie ominęły. Rząd słowacki ks. Jozefa Tiso znacznie utrudnił jego funkcjonowanie, zakazano również wszelkiej działalności edukacyjnej i wydawniczej. Planowano deportację ze Słowacji wszystkich duchownych prawosławnych, zamiary te pokrzyżowało jednak wkroczenie Armii Czerwonej i upadek słowackiego państwa.