Jaja Obok berlińskiego szkieletu kompsognata znaleziono jajka o średnicy 10 mm. W 1901 Friedrich von Huene uznał je za zgrubienia skóry. Griffiths w 1993 stwierdził, że to niedojrzałe jajka, jednak wielu badaczy podało tę teorię w wątpliwość, ponieważ rzekome jaja znajdują się poza organizmem kompsognata. Dobrze zachowana skamieniałość spokrewnionego z kompsognatem rodzaju Sinosauropteryx pokazuje, że zwierzę to miało dwa jajowody. Domniemane jaja kompsognata są mniej liczne od jaj tego pierwszego, ale proporcjonalnie większe. Jednak mimo wszystko ich przynależność do rodzaju Compsognathus budzi nadal silne wątpliwości.
Pióra i relacje z ptakami Przez lata kompsognat był uznawany za najbliżej spokrewnionego z ptakami dinozaura. Między nim a archeopteryksem istnieją liczne podobieństwa, między innymi w kształcie, wielkości i proporcji poszczególnych kości oraz ich budowie. Przez lata szkielet archeopteryksa znaleziony bez odcisków piór był zaliczany do rodzaju Compsognathus. Obecnie znane są jednak jeszcze bliżej spokrewnione z ptakami dinozaury, np.: deinonych, segnozaur i owiraptor. W żadnym ze szkieletów kompsognata nie zachowały się odciski piór, dlatego najczęściej jest przedstawiony bez nich.