Dieta Ponieważ w jamie brzusznej obu okazów kompsognata znaleziono resztki pożywienia, można dokładniej niż w przypadku innych dinozaurów zrekonstruować jego dietę. W 1881 Marsh wysnuł teorię mówiącą, że w jamie brzusznej berlińskiego okazu kompsognata znajduje się embrion tego samego gatunku, jednak badania przeprowadzone przez Franza Nopcsę obaliły tę teorię. Stwierdził on, że to po prostu jaszczurka. John Ostrom uznał, że należy ona do rodzaju Bavarisaurus. Jej długi ogon oraz proporcje kończyn świadczą, że była dobrym biegaczem. Conrad (w druku) ustanowił jaszczurkę znalezioną w jamie brzusznej niemieckiego okazu kompsognata holotypem nowego gatunku Schoenesmahl dyspepsia. W jamie brzusznej francuskiego okazu znajdują się tymczasem niezidentyfikowane jaszczurki lub sfenodonty.