Von Huene twierdził, że znalazł w berlińskim okazie odciski nagich łusek w okolicach brzucha, ale później Ostrom stwierdził, że von Huene się mylił. U spokrewnionych z kompsognatem sinozauropteryksa i sinokaliopteryksa znaleziono odciski prymitywnych piór, więc analogicznie kompsognat mógł także je mieć. Z drugiej strony znaleziono też odciski nagiej łuski u uznanego za kompsognatyda jurawenatora, ale jest to osobnik młodociany, a łuski zachowały się tylko w okolicy końca ogona, co nie wyklucza, że niektóre części jego ciała mogły być pokryte prymitywnymi piórami. W 2007 Butler i Upchurch ponownie przeprowadzili badania skamieniałości jurawenatora. Po ich przeanalizowaniu zanegowali przynależność jurawenatora do Compsognathidae.
Klasyfikacja Od nazwy Compsognathus pochodzi nazwa rodziny do której on należy – Compsognathidae. Jest to grupa niewielkich drapieżników występujących od późnej jury do wczesnej kredy na terenach Europy, Azji i Ameryki Południowej. Przez dłuższy czas znano tylko jednego przedstawiciela tej grupy (kompsognata), ale w ciągu kolejnych lat dołączono od niej więcej dinozaurów. Najczęściej oprócz kompsognata zalicza się do niej następujące rodzaje dinozaurów: Aristosuchus, Huaxiagnathus, Mirischia, Sinosauropteryx, Juravenator oraz Scipionyx.