Nie podano konkretnych informacji na temat pochodzenia Rei. Ritsuko Akagi stwierdza, że Rei urodziła się w pewnym pokoju głęboko na niższych poziomach siedziby NERV. Księga Czerwonego Krzyża mówi, że Rei powstała z „odzyskanych szczątków“ Yui Ikari po absorpcji Yui przez jednostkę 01 w 2004 roku. Związek między Rei i Yui jest pokazany kilka razy podczas serii. Gendo przedstawia Rei pracownikom Nerv w 2010 roku jako „dziecko znajomych“, którym tymczasowo się opiekuje. W odcinku 21, Naoko Akagi mówi, że Rei fizycznie przypomina Yui. Model postaci wykorzystany w scenach z 2010 roku opiera się na materiałach, w których jej wiek wynosi zaledwie 4 lataNeon Genesis Evangelion, Newtype 100% Collection W filmach sama Rei sugeruje znajomość odradzającej się Lilith i łączy się z istotą, sugerując, że ma genetyczne tło pasujące do AniołaEvangelion: Death and Rebirth oraz The End of Evangelion.