Oficer z biura poborowego początkowo chciał go aresztować za dezercję. Potem jednak kazał mu pieszo dogonić swój oddział. Vianney udał się w drogę, ale osłabiony przebytymi chorobami, nie zdołał dogonić oddziału stając się mimowolnie dezerterem. Schronienie znalazł w wiosce Les Noës, gdzie ukrywał się blisko rok pod przybranym nazwiskiem Hieronim Vincent. Pracował jako parobek u wdowy Klaudyny Fayot, ucząc też jej dzieci czytania i katechizmu.
Po pokoju w Schönbrunnie, Napoleon ogłosił amnestię. Vianney mógł powrócić do domu, pod warunkiem że znajdzie zastępcę w służbie wojskowej (został nim jego młodszy brat Franciszek). Niedługo po powrocie zmarła jego matka. Jej ostatnim życzeniem było, by jej syn został kapłanem.
Dalszy ciąg drogi do kapłaństwa W 1811 roku Jan Vianney powrócił do Écully, gdzie zamieszkał na plebanii u księdza Karola Balleya. Po upływie trzech miesięcy ksiądz Balley przedstawił go w kurii biskupiej jako kandydata do kapłaństwa. W roku 1812 wstąpił do niższego seminarium duchownego w Verriérs, rozpoczynając obowiązkowe, roczne studia filozoficzne. Licząc wtedy 26 lat był najstarszym studentem tej uczelni. Nauka filozofii sprawiała mu trudności, ale zdołał ukończyć seminarium. W 1813 roku wstąpił do wyższego seminarium w Lyonie.