Nauka odbywała się tam po łacinie, co okazało się ogromnym utrudnieniem dla Vianneya, który i tak nie najlepiej sobie radził. Przełożeni, mając na względzie wielkie trudności jakie miał z nauką radzili, by opuścił seminarium. Pewnego dnia rektor oznajmił mu, że jest zmuszony wydalić go z seminarium z powodu braku postępów w nauce.
Z pomocą przyszedł mu znowu ksiądz Balley, który wstawił się za nim u władz uczelni. Dzięki wsparciu Balleya, a także z powodu znacznego braku kapłanów w archidiecezji lyońskiej, wikariusz generalny pozwolił Janowi składać egzaminy nie po łacinie, ale w języku francuskim. Pomyślnie zdane egzaminy pozwoliły Janowi na przyjęcie święceń kapłańskich. 13 sierpnia 1815 w Grenoble Jan Vianney został namaszczony na kapłana. Następnego dnia odprawił pierwszą mszę święta.