Po powrocie z pielgrzymki, dalsza nauka szła mu lepiej. Przypisywał to wstawiennictwu św. Franciszka Regisa. 22 stycznia 1807 roku przyjął sakrament bierzmowania z rąk kardynała Józefa Fescha, biorąc za patrona Jana Chrzciciela. Odtąd podpisywał się Jan Maria Chrzciciel lub Jan Chrzciciel Maria (Jean Baptiste Marie).
Powołanie do wojska W 1809 roku Francja prowadziła wojnę z Hiszpanią oraz Austrią i jej sojusznikami. Cesarz Napoleon potrzebował żołnierzy. Mimo że Jan Vianney jako uczeń duchownych w diecezji Lyońskiej miał być zwolniony ze służby wojskowej, jednak przez niedopatrzenie urzędników został wraz z trzema innymi seminarzystami powołany pod broń. Reklamacje i próba znalezienia zastępcy nie powiodły się. 26 października Vianney stawił się w jednym z punktów zbornych w Lyonie. Dwa dni później trafił do szpitala wojskowego z powodu wysokiej gorączki – przeleżał tam dwa tygodnie. 12 listopada udał się wraz ze kontyngentem rekrutów w stronę granicy hiszpańskiej. Nie mogąc iść jechał na wozie. W Roanne ponownie trafił do szpitala z gorączką i zapaleniem płuc. Tam odwiedziła go rodzina. 5 stycznia 1810 roku otrzymał rozkaz by do południa dołączył do oddziału udającego się do Hiszpanii. Jednak po drodze Vianney wstąpił do kościoła, by się pomodlić. Stracił poczucie czasu i oddział wymaszerował bez niego.