Mając 18 lat, Affleck przeniósł się na rok do Los Angeles, aby rozpocząć karierę aktorską i mieszkał z bratem i przyjacielem z dzieciństwa, Mattem Damonem. Wkrótce Gus Van Sant zaangażował go do roli socjopatycznego nastolatka w czarnej komedii Za wszelką cenę (1995) u boku Joaquina Phoenixa, Matta Dillona i Nicole Kidman. Po występie w komediodramacie Dogonić słońce (1996) z Halle Berry, zagrał u boku swojego brata – Bena Afflecka w komedii romantycznej Kevina Smitha W pogoni za Amy (1997) i słynnym dramacie Gusa Van Santa Buntownik z wyboru (1997). Następnie otrzymał główną rolę jako Peter Kepler w dobrze przyjętym komediodramacie Desert Blue (1998) u boku Kate Hudson i Christiny Ricci.
W ekranizacji dzieła Williama Shakespeare’a Hamlet (2000) z Ethanem Hawkiem w roli tytułowej wystąpił jako Fortynbras. Steven Soderbergh obsadził go w roli Virgila Malloya w filmie Ocean’s Eleven: Ryzykowna gra (2001) i jego kontynuacjach w doborowej obsadzie (George Clooney, Brad Pitt, Andy García, Matt Damon, Julia Roberts). W 2002 wystąpił na West Endzie w londyńskim Garrick Theatre jako Warren – naiwny kumpel dilera narkotyków (Matt Damon) w sztuce Kennetha Lonergana To nasza młodość (This Is Our Youth) z Summer Phoenix.