28 lipca 1615 roku w wyniku pożaru miasta zabudowania klasztorne spłonęły, a w następnych latach zostały odbudowane. W czasie okupacji Głogowa przez Szwedów w okresie wojny trzydziestoletniej, kiedy to wszystkie świątynie, poza kościołem św. Stanisława zostały zamienione na magazyny i koszary wojskowe, franciszkanie byli jedynymi duchownymi sprawującymi w Głogowie opiekę duszpasterską nad mieszkańcami. W 1682 roku magistrat głogowski został przyjęty do bractwa franciszkańskiego, co upamiętniono na ścianie ratusza płaskorzeźbą przedstawiającą św. Franciszka.
30 października 1810 roku, władze pruskie wydały edykt sekularyzacyjny, na mocy którego również klasztor franciszkanów został przejęty przez skarb państwa. Budynki zamieniono już na stałe na zbrojownię, a ogród przeznaczono na potrzeby ciągle rozbudowującej się twierdzy głogowskiej. Biblioteki klasztorne przewieziono do Biblioteki Uniwersyteckiej we Wrocławiu, gdzie znajdują się obecnie 52 inkunabuły z dawnej biblioteki głogowskich franciszkanów. Autor dziennika podróży po klasztorach śląskich, pisząc w 1812 roku o głogowskim klasztorze franciszkanów, wspomina o bibliotece liczącej 2972 tomy starych druków. Z dawnego wystroju wnętrza kościoła franciszkanów ocalały dwa boczne ołtarze, które zostały przeniesione do kościoła św. Wawrzyńca w Brzostowie.