Na początku XVI wieku było w klasztorze głogowskim niewielu zakonników. Kantak wymienia trzech: gwardiana Macieja Zeidlera, kaznodzieję Hieronima Carniolanusa, kantora Marcina Rosemana. Zakon dotknięty widocznie niewielką ilością datków (być może związane to było już z ruchem protestanckim), cierpiał wielki głód i niedostatek, ponieważ utrzymywany był z ofiar przekazywanych przez mieszczan. Wiadomo, że coroczną jałmużnę przekazywał franciszkanom głogowskim cech słodowników i piwowarów. 23 czerwca 1525 roku wymienieni zakonnicy oddali konwent radzie miejskiej, w zamian za dożywotnie utrzymanie. Niektóre źródła informują, że w 1533 roku franciszkanie przeszli na luteranizm i opuścili zabudowania klasztorne, a ich miejsce zajęli na mocy królewskiego dekretu z 1534 roku obserwanci (bernardyni). Prawdopodobnie to katolicka rada miejska zmusiła franciszkanów do tego kroku.