Byli także i mnisi oraz świeccy wyznawcy buddyzmu, którzy dołączali do wszelkich i częstych buntów chłopskich, łącznie z rebelią Hongyŏngnae z 1812 r., na którą wpłynęły buddyjskie profetyczne nauki. Aby bronić swojej wiary mnisi organizowali tajne stowarzyszenia zwane "mnisimi grupami" (kor. tangch'wi) i przeprowadzali kontrataki przeciwko konfucjanistom, którzy napadali na klasztory i tępili mnichów. W XIX w. mnisi byli członkami przeróżnych grup uzbrojonych chłopów (Hwalbindang czyli Partia Biednej Egzystencji, Keahwadang czyli Partia Oświecenia, Tonghak czyli Rewolty Tonghak, Ilchinhoe czyli Stowarzyszenie Postępu i ŭibyŏng czyli antyjapońska armia). Tym niemniej liczba tych mnichów była stosunkowo nieliczna i nie stanowiła przykładu jakiegoś zdecydowanego oporu przeciw dyskryminacji.
Szkoła chogye przetrwała ten okres wycofując się daleko w niedostępne góry, gdzie zdecydowani i zahartowani mnisi prowadzili dalej praktykę. To odseparowanie od bardziej zaludnionych miejsc spowodowało zerwanie więzów buddyzmu z ludnością, co jest widoczne jeszcze nawet we współczesnej Korei. Gdy na początku XX wieku rozpoczął się etap urbanizacji Korei, dalej prześladowany buddyzm był wycofany daleko w górach.