Król Yŏnsan'gun (pan. 1495–1506) ostatecznie pozbawił buddyzm instytucjonalnej reprezentacji odbierając wszelkie posiadłości świątynne. W jakiś czas potem nastąpiła krótka rewitalizacja buddyzmu, gdyż regentka królowa Munjŏng (1509–1565) współpracowała z wybitnym mnichem Hŏŭngdangiem Pou (1509?-1565). Oboje byli zdeterminowani do ożywienia buddyzmu, ale napotykali na liczne przeszkody stawiane przez rząd. Po jej śmierci Pou został zesłany na wyspę Chedżu i tam ukamienowany.
Za panowania osiemnastego króla Hyŏnjonga (pan. 1659–1674) na trwale usunięto dwa żeńskie klasztory z Seulu. Dopiero kolonizacja Korei przez Japonię spowodowała, że do Seulu w 1911 r. powróciły świątynie buddyjskie. Mnisi buddyjscy na ogół zaakceptowali tę politykę państwa i nawet tak wybitni mnisi jak Hamhŏ Kihwa (1376–1433) ograniczali się do pisania tekstów podkreślających jedność konfucjanizmu, taoizmu i buddyzmu. Potrafili się zdobyć jedynie na zwracanie uwagi, że buddyzm nie powinien być wyłączany ze społeczeństwa, ze względu to, że zabezpiecza on stabilizację i harmonię.