Wolne miasto W 1207 Filip Szwabski nadał Ratyzbonie status wolnego miasta Rzeszy, który miasto utrzymało aż do 1803. W 1245 cesarz Fryderyk II nadał miastu przywilej powołania jednego burmistrza i rady miasta, co w połączeniu z dalszym rozkwitem handlu zagranicznego oraz przeprowadzką książąt bawarskich do Landshutu w 1255 przyczyniło się do wzmocnienia pozycji mieszczan, a następnie spowodowało trwający ponad sto lat konflikt pomiędzy miastem a biskupstwem Ratyzbony i księstwem Bawarii.
W drugiej połowie XIII w. rozpoczęto budowę katedry św. Piotra (1260–1270), która trwała aż do 1872.
W XV w. miasto znacznie podupadło gospodarczo. Pustka w kasie miejskiej przyczyniła się do poddania miasta księciu Bawarii Albrechtowi II, z którym łączono nadzieje na inwestycje, m.in. założenie uniwersytetu. W 1492 cesarz Fryderyk III ponownie ustanowił Ratyzbonę miastem cesarskim.
thumb|Miasto na przełomie XVI i XVII wieku Na początku XVI w. w mieście miały miejsce rozruchy poskromione przez cesarza Maksymiliana I, który narzucił miastu nowy statut, tzw. Regimentsordnung. Zmodyfikowany w 1514 obowiązywał do 1803.
W 1519, już po śmierci Maksymiliana I, doszło do pogromu ludności żydowskiej i zburzenia dzielnicy żydowskiej.