Handel zagraniczny z Paryżem, Wenecją i Kijowem umożliwił szybki rozwój gospodarczy Ratyzbony, która stała się jednym z najbogatszych i najludniejszych miast Niemiec w XII i XIII w. W 1200 miasto liczyło ok. 10 tys. mieszkańców a Dunajem transportowano więcej towarów niż Renem. Ponadto Ratyzbona posiadała wówczas jedyny most na Dunaju pomiędzy Ulm a Wiedniem – wybudowany w latach 1135–1146 Most Kamienny (niem. Steinerne Brücke). Uznawany za majstersztyk średniowiecznej sztuki architektonicznej, służył za wzór budowniczym wielu innych mostów w owym czasie, np. Mostu Judyty na Wełtawie w Pradze (poprzednika Mostu Karola).
O średniowiecznej potędze miasta świadczy bogata architektura romańska i gotycka, która do tej pory dominuje na ratyzbońskim Starym Mieście. Most Kamienny i katedra to najlepiej rozpoznawalne symbole Ratyzbony.
Ze względu na dogodne położenie nad Dunajem, miasto było idealnym miejscem na rozpoczęcie wypraw do Ziemi Świętej. W maju 1147 król Konrad III Hohenstauf wyruszył stąd na II wyprawę krzyżową. W maju 1189 cesarz Fryderyk I Barbarossa rozpoczął tu III wyprawę krzyżową.
Kiedy w 1180 Fryderyk Barbarossa usunął Henryka Lwa z Bawarii, władzę w kraju przejęli Wittelsbachowie.