Gmina żydowska w Ratyzbonie była wówczas największą w Niemczech.
W 1541 w Neuen Waag przy Haidplatz miała miejsce debata religijna pomiędzy Filipem Melanchtonem a Johannesem Eckiem mająca na celu zbliżenie środowisk chrześcijańskich: protestantów i katolików. Po licznych zatargach pomiędzy radą a biskupem, w 1542 Ratyzbona stała się miastem ewangelickim. Zwiększyło to nadzieje na uniezależnienie się od katolickiego biskupa i cesarza, zaogniając konflikt z księciem biskupem.
Podczas wojny trzydziestoletniej, w 1633 Ratyzbonę zajęły wojska szwedzkie pod dowództwem Bernarda Weimarskiego. Rok później miasto zostało odbite przez armie cesarską i bawarską.
Nieustający Sejm Świętego Cesarstwa Rzymskiego (1663–1803) thumb|Obrady Nieustającego Sejmu Rzeszy w Sali Rzeszy (niem. Reichssaal), 1640