Z biegiem czasu barwnik zmienia się i przyjmuje barwę szaroniebieską, szarą lub czarną. Taką barwę widać w powierzchownie położonych strukturach o dużej zawartości tkanki łącznej: niektóre regiony skóry (gruczoły potowe), małżowina uszna, nos, powieki, białkówka oka, chrząstka i ścięgna.
Rozpoznanie Czasem na rozpoznanie alkaptonurii może naprowadzić zaobserwowanie ciemnego zabarwienia moczu, bóle stawów związane z przebarwieniami czy ciemne zabarwienie twardówek oczu. Dodatkową wskazówką jest dodatni wywiad rodzinny.
Wstępna diagnoza może być postawiona na podstawie obserwacji moczu poddanego działaniu wodorotlenku sodu lub wodorotlenku potasu. Przy alkaptonurii, jeszcze przed upływem godziny, pojawia się ciemnobrązowe lub czarne zabarwienie badanej próbki. Diagnoza potwierdzająca opiera się na wykazaniu obecności kwasu homogentyzynowego w moczu. Dokonuje się tego metodą chromatografii gazowej ze spektrografią mas.
Badania genetyczne polegają na poszukiwaniu określonych mutacji genu HGD rozpowszechnionych w populacji chorych na alkaptonurię.
Inne metody diagnostyczne wykonywane u chorych na alkaptonurię: badanie mikroskopowe bioptatów na obecność złogów barwnika, badanie RTG i TK dla poszukiwania zmian stawowych.