W układzie krążenia w przebiegu choroby niekiedy dochodzi do występowania zwapnień w tętnicach wieńcowych oraz uszkodzeń zastawek aortalnych (rzadziej innych), które wymagają w części przypadków wykonania zabiegu kardiochirurgicznego.
W nerkach dochodzi do odkładania się złogów, a w prostacie do tworzenia zwapnień.
Chrząstka małżowin usznych ulega przebarwieniom, a także staje się bardziej sztywna. Oprócz woskowiny także błona bębenkowa może ulegać przebarwieniom, a u osób dorosłych może występować niedosłuch na tle uszkodzeń w połączeniach kosteczek słuchowych.
W twardówce oczu można zauważyć różnej wielkości i koloru przebarwienia (objaw Oslera).
Ochronoza Ochronoza (łac. ochronosis) jest występującym w przebiegu alkaptonurii zaburzeniem, które polega na odkładaniu się w tkankach polimerów kwasu homogentyzynowego, które wywołuje ich ochrowe zabarwienie (stąd ochronoza).
Barwnik może się gromadzić w skórze różnych okolic ciała, a także w tkankach narządów wewnętrznych (oka, ucha, płatków zastawek serca, wsierdzia itp.) uszkadzając je i doprowadzając do zmian narządowowych.