U dorosłych, zazwyczaj w 3. lub 4. dekadzie życia, wcześniej u mężczyzn, na pierwszy plan wysuwają się objawy zmian zwyrodnieniowych stawów (tzn. artropatia ochronotyczna), głównie bóle, zniekształcenia, ograniczenia ruchomości oraz funkcji czy wysięki. Dotyczą one przede wszystkim dużych, narażonych na znaczne obciążenia stawów: biodrowych, kolanowych, barkowych, a także stawów kręgosłupa). Ich przyczyną jest wieloletnie gromadzenie się polimerów kwasu homogentyzynowego w kościach i chrząstkach stawowych. W części przypadków znaczny stopień uszkodzenia stawów wymaga wszczepienia endoprotez. Zmiany chorobowe układu ruchu w alkaptonurii mogą do pewnego stopnia przypominać zesztywniające zapalenie stawów kręgosłupa, jednak cechą odróżniającą jest rzadkie zajęcie stawów krzyżowo-biodrowych. Nazwą stosowaną na określenie zmian w kręgosłupie jest spodyloartropatia ochronotyczna. Do częstych objawów należą także uszkodzenia i naderwania ścięgien, pochewek ścięgnistych i przyczepów ścięgien.