.

McLaws rozkazał swoim dwóm brygadom piechoty podążać na południe wzdłuż grani grzbietu Elk Ridge, północnego przedłużenia wzgórz Maryland Heights. Mimo zdeterminowanego i upartego oporu obrońców, 13 września oddziałom Południa udało się wyprzeć ze wzgórz 4600 żołnierzy Północy. Dzień później, cztery działa dowodzone przez McLawsa otworzyły ogień na Harpers Ferry.

Trzecie skrzydło konfederatów dowodzone było osobiście przez generała majora Thomasa „Stonewalla” Jacksona. Oddziały Jacksona przeszły z Fredericka do Boonsboro i dalej przez zachodnią część stanu Maryland, przekraczając Potomak w pobliżu miejscowości Williamsport, zdobywając po drodze Martinsburg i ostatecznie zbliżyły się do Harpers Ferry od północnego zachodu, w dwa dni pokonując 82 kilometry. Czternastotysięczny oddział Jacksona zajął grzbiet School House Ridge, otaczając garnizon Unii w Harpers Ferry ze wszystkich stron.