W roku 1833 Harpers Ferry zostało połączone przy pomocy kanału Chesapeake i Ohio (Chesapeake and Ohio Canal) z Waszyngtonem, a rok później w mieście została otwarta linia kolejowa Baltimore and Ohio Railroad wraz z mostem przez rzekę Potomak, co pomogło dalszej jego industrializacji.
Najazd Johna Browna
Dnia 16 października 1859 roku abolicjonista John Brown wraz ze swoim oddziałem zaatakował arsenał zdobywając kilka jego budynków. W oddziale Browna było 21 mężczyzn: pięciu czarnych oraz 16 białych, w tym dwóch synów Browna. Brown miał nadzieję użyć broni zdobytej w ataku aby wywołać powstanie niewolników na południu Stanów Zjednoczonych. Podczas ataku Brown pojmał około 60 prominentnych obywateli Harpers Ferry, licząc, że ich niewolnicy dołączą się do jego oddziału, ale tak się nie stało. Jego oddział został wkrótce osaczony przez lokalną ludność i zmuszony szukać schronienia w budynku straży pożarnej przylegającym do fabryki broni. Miejscowi nie potrafili jednak odbić arsenału, a w jednym z ataków poniósł śmierć ówczesny burmistrz miasta, Fontaine Beckham.