Historia Powstanie miasta Początki miasta sięgają 1751 roku, kiedy Robert Harper wszedł w posiadanie 125 akrów (0,5 km²) ziemi na obecnym terenie miasta. W roku 1761 otworzył on prom umożliwiający przeprawę przez rzekę Potomak osadnikom udającym się do doliny Shenandoah lub dalej na zachód. Stąd też pochodzi nazwa miasta, gdyż Harper's ferry znaczy w języku angielskim "prom Harpera".
Trzeci prezydent Stanów Zjednoczonych, Thomas Jefferson, odwiedził Harpers Ferry 25 października 1783 roku i podziwiał rzekę Potomak ze skały, która obecnie nosi jego imię. W 1796 roku rząd Stanów Zjednoczonych odkupił ziemię od spadkobierców Roberta Harpera i w 1799 roku rozpoczął budowę fabryki broni i arsenału (United States Armory and Arsenal at Harpers Ferry), dzięki którym miasto nabrało znaczenia jako centrum przemysłowe. W przeciągu 60 lat swojego istnienia zakłady te wyprodukowały około 600 tysięcy pistoletów, karabinów i muszkietów.