Z uwagi na nachylenie terenu spływ wód następuje z reguły na południe do doliny Noteci, względnie na wschód (do doliny Brdy) lub zachód (do doliny Gwdy).
Na pojezierzu występują licznie jeziora, zlokalizowano ich około 300 o powierzchni powyżej 1 ha. Do największych należą: Szczytno Wielkie, Krępsko, Sławianowskie Wielkie i Więcborskie. Jeziora występują w formach południkowych rynien, bądź równoleżnikowych zgodnych z przebiegiem pofałdowania morenowego.
Ochrona przyrody Na terenie Pojezierza Krajeńskiego, w jego centralnej i wschodniej części objętej granicami województwa kujawsko-pomorskiego, wytyczono w 1998 r. Krajeński Park Krajobrazowy. Jest to trzeci co do powierzchni park krajobrazowy w Polsce (2010 r.)
Na Pojezierzu znajdują się również obszary Natura 2000http://natura2000.eea.europa.eu/# dostęp 12-08-2010: Dolina Łobżonki PLH300040 Ostoja Pilska PLH300045 Dolina Debrzynki PLH300047 Uroczyska Kujańskie PLH300052 Dębowa Góra PLH300055 Południowy skłon wysoczyzny morenowej Pojezierza przylega do Pradoliny Toruńsko-Eberswaldzkiej, w której płynie Noteć i Kanał Bydgoski.