Wzniesienia Najwyższe wzniesienia morenowe na Pojezierzu Krajeńskim przekraczają 200 m n.p.m.: wzgórze 222,8 m n.p.m. (dawna niem. nazwa Turm-BergArkusz 2268 Stegers. W: Topografische Karten (Meßtischblätter) 1:25 000. Das Reichsamt für Landesaufnahme, 1935.) na zachód od Człuchowa, na pd. od wsi Grodzisko () wzniesienie 219,5 m n.p.m. na wschód od wsi Łoża (), Góra Brzuchowa 207,8 m n.p.m. na północ od Złotowa, Wolność 206,1 m n.p.m. na zachód od Chojnic wzniesienie 205,1 m n.p.m. na zachód od Chojnic, na północ od wsi Nieżywięć ().
W południowej części regionu, bezpośrednio nad Doliną Środkowej Noteci kulminację stanowi Dębowa Góra (193 m n.p.m. i 150 m nad dnem doliny Noteci). Obok moren akumulacyjnych i spiętrzonych, występują kemy, ozy i rynny lodowcowe oraz doliny dopływów Gwdy, Brdy i Noteci.
Cieki i zbiorniki wodne Pojezierze Krajeńskie leży w dorzeczach dwóch rzek bałtyckich: Wisły i Odry, a przez wschodnią część mezoregionu przebiega główny wododział Polski. Do systemu rzeki Wisły należą dopływy Brdy, zaś do systemu Odry dopływy Noteci i Gwdy. Największym ciekiem wodnym, w całości leżącym na obszarze Pojezierza jest rzeka Łobżonka.