Forma ta objęta jest ochroną w dwóch obszarach Natura 2000: Dolina Środkowej Noteci i Kanału Bydgoskiego PLB30001 oraz Dolina Noteci PLH300004. Część północno-wschodnia przylega natomiast do obszaru Bory Tucholskie PLB220009, a zachodnia do obszaru Puszcza nad Gwdą PLB300012.

Spośród licznych obszarów chronionego krajobrazu i rezerwatów przyrody na terenie Pojezierza wyróżnić można m.in.: Obszar Chronionego Krajobrazu Rynny Jezior Byszewskich, Obszar Chronionego Krajobrazu Doliny rzeki Sępolenki, Obszar Chronionego Krajobrazu Doliny rzeki Kamionki, rezerwat przyrody Buczyna – las bukowy, rezerwat przyrody Gaj Krajeński – las bukowo-dębowy, rezerwat przyrody Jezioro Wieleckie, rezerwat przyrody Dęby Krajeńskie, rezerwat przyrody Lutowo – bór bagienny, rezerwat przyrody Wąwelno – las mieszany (buki, jesiony, dęby, brekinia), rezerwat przyrody Zielona Góra – las grądowy i dąbrowa, rezerwat przyrody Miłachowo – rośliny ciepłolubne, rezerwat przyrody Czarci Staw – torfowisko, Zespół Przyrodniczo-Krajobrazowy Torfowisko Messy.