12 maja skapitulowała Narwa. Zakon złożył z urzędu Fürstenberga, który bez wiedzy zakonu rozpoczął tajne pertraktacje z Danią. Nowym wielkim mistrzem został wybrany stronnik polski Gotthard Kettler.
Jednocześnie w 1560 biskup kurlandzki Johann von Muenhausen przeszedł na luteranizm i sprzedał tytuł biskupa duńskiemu księciu Magnusowi. Tym samym Dania posiadła Ozylię i Piltyń. W 1561 król szwedzki Eryk XIV Waza opanował Estonię z Rewlem. Rozpoczęła się I wojna północna.
Sekularyzacja Inflant 31 sierpnia 1559 zawarto w Wilnie układ, mocą którego Zygmunt August jako wielki książę litewski obejmował protektorat nad Inflantami. Rękojmią tego porozumienia było oddanie załogom litewskim kilku zamków inflanckich. 28 listopada 1561 podpisano pakt wileński, likwidujący państwo zakonu krzyżackiego w Inflantach i powołujący w jego miejsce Księstwo Zadźwińskie (formalnie od 1566), włączone do państwa polsko-litewskiego oraz lenne Księstwo Kurlandii i Semigalii z księciem Gotthardem Kettlerem jako lennikiem Rzeczypospolitej.
thumb|Żołnierze litewscy XVI wieku