Po 18 dniach śledztwa 22 stycznia 1945 wywieziono wszystkich do Kowla, a następnie do Kijowa i osadzono w więzieniu MGB. Śledztwo trwało do czerwca 1945, a następnie wszyscy księża zostali oskarżeni o zdradę władzy radzieckiej na rzecz Watykanu, otrzymując zaocznie wydany wyrok skazujący ich na 10 lat karnych obozów pracy w Gułagu.
Od lipca 1946 przebywał ponad rok w czelabińskim obozie, pracując przy wyrębie lasów i kopaniu rowów. W listopadzie 1947 został przeniesiony do obozu Bakał na Uralu. Skrajnie wyczerpany, z ciężkim zapaleniem płuc trafił następnie do szpitala w Czelabińsku. Po jego opuszczeniu (1950) przebywał w obozie w Dżezkazganie, gdzie pracował pod ziemią w kopalni miedzi „Pokro”. Po wyczerpującej, kilkunastogodzinnej pracy odwiedzał chorych w więziennym szpitalu. Codzienną Eucharystię sprawował w więziennych łachmanach wcześnie rano, klęcząc na pryczy, która była zarazem ołtarzem.
10 sierpnia 1954 został zwolniony z obozu i zesłany do Karagandy, gdzie pracował jako stróż na budowie. Jednocześnie podjął tajne duszpasterstwo. Był pierwszym księdzem katolickim, który przybył do Karagandy. Skrycie odprawiał msze święte w prywatnych mieszkaniach przy zasłoniętych oknach.