Gdy wkroczyli Niemcy, wrócił do swych obowiązków proboszcza katedralnego.
Okres okupacji niemieckiej to na Wołyniu czas zagłady Żydów, napadów nacjonalistów ukraińskich na osiedla polskie i odwetów, walk ośrodków samoobrony polskiej, walk partyzantów 27 Dywizji Piechoty Armii Krajowej z Niemcami i w styczniu-lutym 1944 r. powrotu Armii Czerwonej i władzy sowieckiej – czas tzw. „drugich sowietów”.
Oprócz gorliwego wykonywania obowiązków proboszcza Bukowiński katechizował dzieci, prowadził stałą opiekę nad rodzinami więźniów, ratował dzieci żydowskie i ukrywał je w rodzinach katolickich, dokarmiał i opiekował się masowo przybywającymi do Łucka ofiarami z ukraińskich czystek etnicznych, dożywiał jeńców sowieckich masowo umierających z głodu w niemieckim obozie jenieckim.
Po ponownym wkroczeniu Armii Czerwonej na Wołyń w nocy z 3 na 4 stycznia 1945 roku został ponownie aresztowany przez NKWD, razem z biskupem łuckim Adolfem Piotrem Szelążkiem i innymi kapłanami pełniącymi posługę duszpasterską w Łucku (cała kapituła biskupstwa łuckiego).