W zakonie pełnił różne funkcje: spowiednika, gwardiana, prowincjała. Ojciec Rafał na kapitule w Lublinie, która odbyła się 8 września 1506 został wybrany wikariuszem Wikarii Polskiej Bernardynów. Było to wielkie wyróżnienie dla o. Rafała, które zarazem dawało świadectwo o jego gorliwym życiu i pracy, bowiem powierzono mu najwyższy urząd w polskiej wikarii. Niebawem udał się na kapitułę generalną do Asyżu, która odbyła się 22 maja 1507. Tam został wyznaczony wizytatorem generalnym Wikarii Polskiej. Po powrocie z kapituły generalnej, zwołał kapitułę do Warszawy na dzień 8 września 1507, a po jej zakończeniu rozpoczął wizytację klasztorów. Było to przedsięwzięcie bardzo trudne, biorąc pod uwagę fakt, iż w skład wikarii wchodziły wówczas 23 klasztory rozrzucone na olbrzymim obszarze dawnej Polski.
Za króla Olbrachta był gwardianem w Poznaniu, następnie trzy razy w Krakowie za Zygmunta Starego. Był gwardianem także w Wilnie i w Kownie, gdzie założył bractwo bernardyńskie św. Anny i wystarał się o kaznodzieję do języka litewskiego. Dwa razy jeździł do Włoch na kapitułę generalną. Cztery razy był prowincjałem, ceniony jak "zwierzchnik niezwykłej świętości".