Wielki wpływ na przyszłość Rafała wywarł Świętosław Milczący, spowiednik przy kościele Mariackim, który był jego kierownikiem duchowym. Zapewne też jemu Stanisław Budek wyjawił swój zamiar wstąpienia do zakonu i radził się go w sprawie odpowiedniego wyboru. Świętosław nie wskazał mu konkretnego zakonu, lecz radził, aby rozglądnął się po licznych krakowskich domach zakonnych i sam dokonał wyboru. Wybrał Zakon Braci Mniejszych Obserwantów – zwanych Bernardynami.
W nowicjacie bernardyńskim otrzymał imię zakonne – Rafał. Czas nowicjatu był dla niego szczególnym czasem porządkowania swojego życia wewnętrznego poprzez liczne ćwiczenia ascetyczne i umartwienia. Po roku zakonnego życia złożył pierwsze śluby i rozpoczął studia teologiczne pod kierunkiem Jana Vitreatora, który kierował wówczas studiami zakonnymi. Rafał zdobył bardzo solidną wiedzę, odznaczając się pracowitością i rzetelnością. Po ukończeniu studiów przyjął święcenia kapłańskie, spełniając tym swoje długoletnie pragnienie, aby zostać kapłanem w Zakonie Braci Mniejszych.