W trakcie wizytowania klasztorów Wielkopolski, zachorował i czując zbliżającą się śmierć polecił, by zawieźć go do Warty. Tam zmarł 26 stycznia 1534. Ciało jego złożono w prostej dębowej trumnie, którą wystawiono w kościele.
10 i 11 listopada 1640 roku dokonano uroczystości podniesienia relikwii o. Rafała.
Rafał z Proszowic zapisał się w historii jako świetny mówca, kodyfikator ustaw zakonnych i konstytucji Władysława z Gielniowa. Jest określany błogosławionym na podstawie kultu, choć nigdy nie nastąpił proces beatyfikacyjny.
Zdziałał wiele dla podniesienia roli swego zakonu. Wpływał na heretyków, "innowierców" (tak zaczęto wówczas określać ludzi innej wiary), ponieważ i u nich cieszył się szacunkiem. Jego osoba była otoczona wielką powagą, gdziekolwiek się zjawił. Znano go na dworze Zygmunta Starego. O wstawiennictwo zwracali się do Rafała nie tylko poszczególni ludzie, lecz również i całe miasta, jak np.