Utworzono stanowiska naczelnego dowódcy Floty, dowódców portów, dowódcy obrony morskiej Morza Bałtyckiego (od września 1908 dowódca Sił Morskich Morza Bałtyckiego, a od 1909 dowódca Czynnej Floty Morza Bałtyckiego). W końcu XIX wieku Flota Bałtycka miała ponad 250 okrętów. W latach 1902–1903 pojawiły się pierwsze proletariackie organizacje.
W czasie wojny rosyjsko-japońskiej z jednostek Floty Bałtyckiej została sformowana II Eskadra Pacyfiku pod dowództwem admirała Zinowija Rożestwienskiego, a następnie także III Eskadra. Formacje te opłynęły Afrykę, Indie i Indochiny i 28 maja 1905 zostały doszczętnie rozbite przez flotę japońską w bitwie pod Cuszimą.
W chwili rozpoczęcia I wojny światowej, Flota Bałtycka miała 4 starsze pancerniki (przeddrednoty), 6 krążowników pancernych i 4 krążowniki pancernopokładowe, 50 niszczycieli (w większości przestarzałych), 25 torpedowców, 7 stawiaczy min, 11 okrętów podwodnych (w większości przestarzałych), 7 kanonierek i okręty pomocniczeJ.W. Apalkow (Ю.В. Апальков), Rossijskij Impieratorskij Fłot 1914–1917 gg., Morskaja Kollekcja nr 4/1998 (ros.).. Została wycofana z wysuniętych baz w Tallinnie i Helsinkach do Kronsztadu. Została w latach 1914–1918 uzupełniona 4 nowoczesnymi pancernikami (drednotami) typu Gangut, a także 17 nowoczesnymi niszczycielami oraz okrętami podwodnymi.