W wojnach rosyjsko-tureckich przełomu XVIII/XIX wieku Flota brała udział w operacjach morskich na Morzu Śródziemnym, w celu związania walką sił przeciwnika w rejonie ujścia Dunaju i na morzu Czarnym. Walczyła też w czasie wojny o niepodległość Grecji. Rozbiła flotę turecką w bitwie dardanelskiej 1807 oraz bitwie ateńskiej w tym samym roku. Stoczyła z flotą turecko-egipską zwycięską bitwę pod Navarino w 1827.
Sytuacja ekonomiczna Rosji i prowadzone lokalne wojny nie pozwoliły jej na zbudowanie parowej floty przed wojną krymską 1853–1856. Flota Bałtycka do rozpoczęcia tej wojny miała 11 fregat parowych, podczas gdy Francuzi i Anglicy mieli 42 okręty parowe o napędzie śrubowym lub bocznokołowym. Mimo to Flota Bałtycka skutecznie zablokowała w Zatoce Fińskiej połączoną flotę brytyjsko-francuską i osłaniała Sankt Petersburg. W czasie tej wojny były po raz pierwszy zastosowane na Bałtyku miny morskie, wynalezione przez rosyjskiego uczonego B.S. Jakobiego. W 1861 rozpoczęła się budowa pierwszego okrętu pancernego – „Opyt”, a w 1869 zbudowano pierwszy pancernik wieżowy „Piotr Wielikij”. W 1860 zmieniono organizację Floty. Porty podzielono na główne: Kronsztad, Petersburg i pomocnicze: Rewel, Swiborg, a w 1891 Flota została podzielona na dwie dywizje.