Lata siedemdziesiąte przyniosły zaostrzenie sporu starożytników z nowożytnikami, a w szczególności wrogości między Perraultem a Nicolasem Boileau. Jednym z przejawów sporu była podjęta przez Perraulta w 1674 roku obrona Alceste, opery Lully’ego i Philippe’a Quinaulta, przed krytyką starożytników (przede wszystkim Boileau i Racine’a).
Perrault został oficjalnie przyjęty do Akademii Inskrypcji i Medali w 1679 roku, gdy zwolniło się miejsce po śmierci jednego z członków. W kolejnym roku stosunki między Perraultem a Colbertem uległy jednak pogorszeniu, a minister wkrótce zastąpił dotychczasowego współpracownika swoim najmłodszym synem. Trzy lata później, po śmierci Colberta i dojściu do władzy markiza de Louvois, Perrault utracił również miejsce w Akademii Inskrypcji i Medali. Wtedy to wycofał się z życia publicznego, by poświęcić się wychowaniu dzieci i twórczości literackiej.
W kolejnych latach Perrault zajął się pisarstwem religijnym. W 1686 roku podjął próbę stworzenia epopei opartej nie na wzorcach antycznych, lecz na imaginarium chrześcijańskim.