Polityka dynastyczna Fryderyk III zapoczątkował szeroko zakrojoną politykę mariaży, która za panowania jego oraz jego syna doprowadziła ród do wielowiekowej potęgi. W 1452 poślubił Eleonorę Aviz, córkę Edwarda I Aviz (króla Portugalii), i Eleonory Aragońskiej. Miał z nią pięcioro dzieci, w tym późniejszego cesarza Maksymiliana, i Kunegundę, późniejszą księżnę bawarską.
W 1453 Fryderyk uprawomocnił uzurpowany przez jego kuzynów, władców Austrii tytuł arcyksiążąt, który miał rekompensować Habsburgom fakt, że Austria nie posiada praw elektorskich w Rzeszy. Rodzina Habsburgów nieoficjalnie używa tego tytułu po dziś dzień. W 1457 zmarł Władysław Pogrobowiec i cesarz sam został arcyksięciem austriackim. Tym sposobem dobra linii styryjskiej i albertyńskiej zostały skupione w rękach jednego dziedzica.
W 1439 został opiekunem małoletniego kuzyna, hrabiego Tyrolu Zygmunta Habsburga. Gdy ten osiągnął pełnoletniość, Fryderyk nie śpieszył z daniem mu wolności i władzy. Musiał to jednak uczynić w 1446 pod naciskiem stanów Tyrolu. Kiepskie rządy rozrzutnego hrabiego z czasem wywołały zniechęcenie społeczeństwa.