W 1453 młody król został uznany za pełnoletniego i wyzwolił się spod protekcji cesarza.
Po śmierci Pogrobowca w 1457 roku w Czechach powołano na tron Jerzego z Podiebradów, natomiast na Węgrzech syna regenta, Macieja Korwina. Tymczasem w lutym 1459 część węgierskich magnatów, przeciwnych rządom Korwina, wybrało na króla właśnie Fryderyka, a ten najechał Węgry. W 1463 mający większe poparcie (głównie średniej szlachty) Korwin skłonił cesarza do ugody w Sopronie, na mocy której Korwin zatrzymał tytuł króla węgierskiego, zaś Fryderyk prawa do objęcia władzy w razie bezpotomnej śmierci Korwina. W latach 70. Fryderyk popierał jednak Jagiellonów przeciwko Korwinowi, który w 1469 roku wystąpił przeciwko Jerzemu z Podiebradów i opanował także większość Czech. W latach 1482–1485 ten ostatni podbił Austrię, wypierając stopniowo siły cesarskie. Powrót Fryderyka do Austrii umożliwiła dopiero niespodziewana śmierć Macieja Korwina w 1490. Cesarzowi nigdy nie udało się opanować Czech i Węgier, Habsburgowie mieli odzyskać trony czeski i węgierski dopiero w 1526 roku.