W 1490 Fryderyk, mając poparcie stanów tyrolskich, zmusił Zygmunta do zrzeczenia się włości na rzecz Maksymiliana, co zakończyło proces jednoczenia posiadłości habsburskich.
Fryderyk skutecznie przeciwdziałał próbom ekspansji księcia Burgundii Karola Śmiałego w Nadrenii. Władca burgundzki wziął w zastaw Alzację i hrabstwo Ferreti od zadłużonego Zygmunta Habsburga. Gdy ten ostatni z pomocą francuską spłacił zastaw, Karol odmówił wycofania się z Alzacji i doszło do wojny, wygranej przez Austriaków. W 1477, w toku rozmów pokojowych, Fryderyk III zaaranżował małżeństwo syna Maksymiliana z Marią, jedyną córką Karola. Jako że ten ostatni zmarł jeszcze w tym samym roku, Habsburgowie przejęli obszerne dobra na pograniczu niemiecko-francuskim, w tym przodujące w rozwoju ekonomicznym Niderlandy.
W 1487 Albrecht IV Wittelsbach, książę Bawarii, zajął kilka lenn cesarskich i zażądał ręki Kunegundy, córki cesarza. Habsburgowie, uwikłani w trudny konflikt o koronę węgierską, starali się uniknąć wojny i Fryderyk ugiął się przed żądaniami Albrechta. Ta słabość, podobnie jak nieumiejętność zaprowadzenia pokoju w Rzeszy, podważała autorytet cesarza wśród wasali i poddanych.