Biblioteka, posiadając bezpośredni dostęp do Katalogu, współuczestniczy w jego tworzeniu. lokalne bazy danych książek i broszur utworzone w systemie Micro CDS/ISIS (zamknięte w roku 1996, po rozpoczęciu pracy w systemie VTLS). katalog lokalny w systemie Koha posadowiony na serwerze Instytutu Botaniki PAN.
Początek prac nad zautomatyzowanymi katalogami bibliotecznymi, datowany na rok 1987, wiąże się z zainstalowaniem pierwszego komputera w Bibliotece. Natychmiast rozpoczęto intensywne działania zmierzające do utworzenia komputerowych baz danych. W tym celu podjęto współpracę z mieszczącą się w Krakowie Pracownią Informacji Naukowej podległą Ośrodkowi Informacji Naukowej PAN w Warszawie. Rezultatem tej współpracy było utworzenie czterech baz danych w pakiecie Micro CDS/ISIS, bezpłatnie rozpowszechnianym przez UNESCO: baza ewidencji wypożyczeń oraz bazy opracowania bibliograficznego książek, broszur i czasopism. Baza broszur obejmowała również opisy katalogowe artykułów z czasopism, będące kontynuacją kartoteki przeziernej.