Nieprzerwanie do roku 1996 kontynuowano prace w bazach opisów książek i broszur. Zamknięcie baz związane było z przejściem na nowoczesny zintegrowany system biblioteczny VTLS, wdrożony w przeważającej większości bibliotek naukowych w Polsce. Od lipca 2002 r. Biblioteka nabyła uprawnienia do czynnego uczestnictwa w pracach nad tworzeniem centralnego katalogu bibliotek naukowych w Polsce (NUKAT) z wykorzystaniem systemu Virtua.
Udostępnianie księgozbioru prezentacyjne – wystawy nowych nabytków biblioteki organizowane co dwa tygodnie w czasie roku akademickiego, dostępne dla wszystkich czytelników udostępnianie na miejscu – wszyscy użytkownicy, zwłaszcza uczniowie wszystkich poziomów szkół, olimpijczycy, studenci innych wydziałów UJ, uczelni krajowych i zagranicznych, pracownicy urzędów, szpitali, przedsiębiorstw itp. wypożyczenia na zewnątrz – pracownicy naukowi, doktoranci obydwu Instytutów, studenci Wydziału Biologii i Nauk o Ziemi oraz Wydziału Biotechnologii Uniwersytetu Jagiellońskiego wypożyczenia międzybiblioteczne krajowe i zagraniczne –