Miał wielki wpływ na cesarza Ferdynanda I i nieustannie napominał o niebezpieczeństwie, jakie na jego duszę może sprowadzić ewentualne przyznanie praw protestantom w zamian za ich pomoc militarną. Kiedy dostrzegł, że jego syn i późniejszy cesarz Maksymilian II Habsburg sam skłania ku luteranizmowi, Kanizjusz zagroził mu wydziedziczeniem w wypadku jeśli odstąpi od katolicyzmu. W dyskusji z protestantami był bardziej elastyczny od Rzymu, gdyż uważał, że spokojne wyjaśnienie zasad wiary przyniesie więcej pożytku niż polemiczne wojny. Odrzucił ataki na Kalwina i Melanchtona, które według niego przynosiły więcej szkody niż pożytku.
Przeniósł się do Niemiec i był jednym z głównych katolickich teologów na dyspucie w Wormacji w 1557. Później był głównym kaznodzieją w katedrze w Augsburgu, gdzie w latach 1559–1568 wygłaszał kazania 3 do 4 razy w tygodniu. Mówiło się, że jego kazania były tak przekonujące, że z ich powodu setki Niemców powróciło do katolicyzmu.