Kanizjusz ostatnie 20 lat życia spędził we Fryburgu, w Szwajcarii, gdzie założył gimnazjum jezuickie Collège Saint-Michel. W 1591, w wieku 70 lat, doznał udaru, w wyniku którego został częściowo sparaliżowany, ale aż do śmierci przez 6 lat kontynuował aktywność kaznodziejską i pisarską z pomocą sekretarza. Umarł w 1597. Pokój, który zajmował przez ostatnie lata życia, zamieniono w ogólnie dostępną kaplicę.
Początkowo został pochowany w kościele św Mikołaja, ale później jego szczątki zostały przeniesione do kościoła gimnazjalnego św. Michała i pochowane przed ołtarzem. W kwietniu 2021 r. część relikwii św. Piotra Kanizjusza została przeniesiona z jego grobu w kościele św. Michała i umieszczona w nowym relikwiarzu, zaprojektowanym przez fryburskiego artystę Frederica Aebiego. Nowy relikwiarz został umieszczony 26 kwietnia, tuż przed 500. rocznicą urodzin świętego, w Kaplicy Grobu Pańskiego we fryburskiej katedrze, obok relikwiarzy św. Mikołaja z Flüe i św. Mikołaja z Miry.