Czas rozpadu Austro-Węgier nadał nowy kierunek losom eparchii. Na przełomie lat 1914 i 1915 jej północny skraj był miejscem zażartych walk austriacko-rosyjskich. W schyłkowej fazie wojny eparchia popadła w kłopoty materialne. Po powstaniu Czechosłowacji w 1918 eparchia preszowska niemal w całości znalazła się na terytorium tego państwa – po stronie węgierskiej pozostało tylko kilkanaście parochii. Ostatni węgierski biskup Stefan Novák 1 października 1918 złożył rezygnację i wyjechał na Węgry. W latach 1918–1922 eparchią preszowską zarządzał ks. Mikulaš Russnák jako wikariusz generalny. W latach 1922–1927 tymczasowym zarządcą – administratorem apostolskim eparchii był dotychczasowy biskup pomocniczy eparchii w Križevcach Dionýz Njarady. Kolejnym, już słowackim administratorem apostolskim został bł. Paweł Gojdič OSBM, który przeprowadził eparchię przez okres międzywojenny, II wojnę światową i początkowy okres władzy komunistycznej.