Za czasów pierwszej Republiki Czechosłowackiej działalność greckokatolickiej eparchii preszowskiej napotykała problemy narodowościowe: konflikt węgiersko-słowacki i słowacko-rusiński - oraz polityczne: czeski antyklerykalizm, a później także szowinizm słowackich faszystów. Pokonanie tych trudności cerkiew zawdzięcza głównie energicznej działalności charyzmatycznego biskupa Pawła Gojdiča i jego sufragana bł. Vasiľa Hopko. W eparchii nie doszło do rozłamów, mimo że przez pewien czas postulowano jej podział na jurysdykcję słowacką i rusińską. W okresie międzywojennym powoli dostosowywano organizację kościelną do nowych granic politycznych. Do eparchii preszowskiej włączono Czechy, Morawy i czeską część Śląska, podległe wcześniej lwowskiej metropolii greckokatolickiej (były to jednak w praktyce tereny misyjne, na których grekokatolików niemal nie było). Do kolejnych zmian doszło po aneksji Rusi Zakarpackiej i wschodniej Słowacji przez Węgry w latach 1938–1939. Nowa granica słowacko-węgierska podzieliła zarówno eparchię preszowską, jak i mukaczewską. 13 marca 1939 papież Pius XII mianował biskupa Gojdiča administratorem apostolskim części eparchii mukaczewskiej pozostałej w granicach Słowacji. W jego imieniu parochiami na tym obszarze zarządzał wikariusz generalny ks. prepozyt Anton Tink.